A ecoendoscopia permite a introdução de pequena e finas agulhas, permitindo coletar amostras de órgão que anteriormente não estavam acessíveis com facilidade, como o pâncreas. A principal de indicação de punções ecoguiadas são para obter amostras de nódulos do pâncreas e diferenciando entre nódulos benignos ou malignos, obtenção de líquido de cistos de pâncreas para exames laboratoriais. Há a possibilidade de coletar material de gânglios próximos a lesões do pâncreas, vesícula e estômago, e diferenciar casos inflamatórios de gânglios com tumor.

As punções guiadas por ecoendoscopia baixa podem auxiliar o diagnostico em casos de endometriose profunda acometendo o intestino e tumores de reto. É possível também obter material de lesões das camadas profundas da parede dos órgãos intestinais (esôfago, estômago, duodeno, reto), que não estão acessíveis às biópsias convencionais por endoscopia e colonoscopia.