Existem lesões que são chamadas de lesões planas, lesões elevadas e lesões de crescimento lateral. As células dessas lesões, na maioria das vezes, são semelhantes as células dos pólipos, em geral benignas mas com potencial maligno. A remoção dessas lesões podem ser realiza por endoscopia e colonoscopia, através de técnicas mais complexas e avançadas que a polipectomia convencional.

A mucosectomia é uma técnica amplamente utilizada, que consiste na injeção de líquido nas camadas profundas da parede do órgão antes da ressecção da lesão, permitindo a remoção da mucosa acometida com menor risco de perfurações. Essa técnica permite realizar o tratamento endoscópico de muitas lesões grandes que antigamente eram encaminhadas para o tratamento cirúrgico.

O médico endoscopista avalia no durante o exame se a lesão pode ser ressecada. Caso haja algum critério que indique que a lesão não possa ser ressecada por endoscopia, ou que o procedimento não será curativo, pode-se realizar tatuagem do local. Essa marcação auxilia o tratamento cirúrgico, quando necessário.